Valideren van genpanels voor moleculaire diagnostiek

Abstract

Het Centrum Menselijke Erfelijkheid (CME) in UZLeuven biedt diagnostiek aan voor zeldzame erfelijke ziekten. Voor genetisch heterogene aandoeningen worden klinische exoom analyses aangeboden waarbij panels van genen worden aangewend. Deze analyses maken gebruik van massieve parallelle sequenering om de DNA-sequentie te achterhalen. Momenteel gebruikt ieder diagnostisch centrum eigen samengestelde genpanels. Hierdoor zijn er verschillen in de gebruikte nomenclatuur en inhoudelijke verschillen in de samengestelde genpanels wat het moeilijk maakt voor de arts om een diagnostische test aan te vragen die het best tegemoet komt aan de klinische vraag.

Het doel van dit onderzoek is het aflijnen van een genpanel, gekoppeld aan myopathie enerzijds en cardiomyopathie en hartritmestoornissen anderzijds. Er wordt gestart met een vergelijking van de bestaande genlijsten van het CME, andere genetische centra in België, enkele internationale centra en de literatuur. Om de belangrijkste genen (kerngenen) te identificeren, wordt eerst onderzocht welke genen in de meerderheid van de centra aangeboden worden (deze worden als kerngenen bestempeld) en welke genen zeer zeldzaam in de panels vervat zitten. Om vervolgens na te gaan of de overige genen als kerngenen bestempeld kunnen worden, zullen een aantal algoritmes aangewend worden, namelijk Ambry Genetics, Panelapp en ClinGen.

Deze groep van kerngenen kan vervolgens door de verschillende diagnostische centra gebruikt worden als vertrekpunt voor het samenstellen van diagnostische panels.