Optimization and Validation of ddPCR Assays for the Detection of PIK3CA Hotspot Mutations in Liquid Biopsies of Patients With Invasive Breast Carcinoma

Abstract

Het opsporen van PIK3CA hotspot mutaties in invasief borstcarcinoom is belangrijk om de behandelingsstrategie te bepalen. Alpelisib, een PI3Kα-specifieke inhibitor, toont in combinatie met fulvestrant een gemiddelde verlenging van progressievrije overleving van 5,3 maanden t.o.v. fulvestrant monotherapie in uitgezaaide setting. Hierbij is een nieuwe biopsie vaak niet mogelijk en is een liquid biopsie aangewezen. Het opzet van dit werk is het optimaliseren en valideren van singuliere droplet digital PCR testen om vier PIK3CA hotspot mutaties te detecteren in plasma.

Aan de hand van positieve/negatieve controles werden de PIK3CA ddPCR testen geoptimaliseerd en gevalideerd. De intra- en inter-run precisie, robuustheid en juistheid werden aangetoond. Vervolgens werd het plasma van 20 patiënten met gekende weefsel mutatiestatus (n=12 PIK3CA negatief, n=8 PIK3CA positief) getest. Dit resulteerde voor 18 van 20 stalen in een concordant resultaat tussen weefsel en plasma. Één staal, met enkel een His1047Arg mutatie op weefsel, toonde Glu542Lys, Glu545Lys en His1047Arg mutaties in plasma. In het andere staal werd de Glu545Lys gedetecteerd op weefsel en de Glu542Lys in plasma. De sensitiviteit en specificiteit bedroegen respectievelijk 87,5% en 95,8%.

Een goede concordantie werd geobserveerd tussen detectie van PIK3CA mutaties in weefsel en plasma. De gevalideerde test zal in de routine diagnostiek worden opgenomen en biedt een mogelijkheid voor de opvolging van de mutatiestatus en ondersteuning van het behandelingsbeleid.